சிறுபஞ்சமூலம் என்பது ஐந்து சிறிய வேர்கள் என்று பொருள்படும். அவையாவன சிறுவழுதுணை வேர், நெருஞ்சி வேர், சிறுமல்லி வேர், பெருமல்லி வேர், கண்டங்கத்தரி வேர் என்பனவாம். இது போன்றே வில்வம், பெருங் குமிழ், தழுதாழை, பாதிரி, வாகை, இவற்றின் வேர்களைப் பெரும் பஞ்சமூலம் என்பர். சிறுபஞ்சமூலம் ஆகிய மருந்து உடல் நலம் பேணுமாறு போல, சிறுபஞ்சமூலப் பாடல்களில் குறித்த ஐந்தைந்து பொருள்களும் உயிர் நலம் பேணுவன. அதனால் இந்நூல் சிறுபஞ்சமூலம் என பெயர் பெற்றது.